ANALISIS PEMBENTUKAN STRUKTUR SEKUNDER DAN TERSIER PADA PROTEIN

baiklah saya disini akan membahas menganalisis pembentukan struktur sekunder dan tersier daripada Protein. sebelum itu mari kita kembali dulu dengan pengertian apa itu protein. Protein merupakan sekumpulan dari asam amino (Total 20 macam) yang bergabung dan berikatan untuk membentuk suatu fungsi dan bentuk tertentu, kali ini kami akan secara khusus membahas struktur Protein dari susunan dasar hingga susunan akhirnya. Dimulai dari susunan dasar yaitu struktur primer hingga struktur kuartener

Struktur Primer

Struktur primer protein merupakan polipeptida menggambarkan :
  • urutan asam amino penyusunnya
  • Serta jembatan disulfida (bila ada)
Penulisan dapat berupa urutan struktur kimianya atau singkatan nama asam aminonya, contoh penulisan pada Gambar 3. Asam amino dengan a-amino bebas disebut sebagai N-ujung atau N-terminal atau amino ujung. Asam amino dengan karboksilat bebas disebut sebagai C-ujung atau C-terminal atau karboksilat ujung
Memahami Struktur Protein
Gambar 3. a) Urutan Asam Amino
Memahami Struktur Protein
Gambar 3. b) urutan asam amino dengan 4 ikatan disulfida dari RNA sapi

Struktur Sekunder

Struktur sekunder (Gambar 4) merupakan struktur primer ditambah dengan Ikatan hidrogen antar residu asam amino berdekatan. Ikatan H membentuk folding untuk meminimumkan driving force gugus hidrofobik dengan pelarut. Struktur a-Heliks, ikatan H pada satu rantai polipeptida. Merupakan penyusun utama protein serat seperti a-Keratin dalam rambut, wol dan kuku. Struktur lembaran b-berlipat ikatan H terjadi antar rantai polipeptida, contoh struktur ini terdapat pada sutera. Protein serat (Fibrous) merupakan pengulangan struktur sekunder, biasanya tidak larut dalam air.
GAMBAR.4
prot3 mmemahami struktur protein prot5

Struktur Tersier

Struktur tersier terjadi karena beberapa interaksi rantai samping, menyebabkan struktur polipeptida yang lebih stabil, Gambar 5,
  • Interaksi yang terjadi :
    • Ikatan disulfida
    • Ikatan Hidrogen
    • Interaksi Hidrofobik dan
    • Interaksi Ionik
Struktur tersier tersusun oleh satu rantai polipeptida. Struktur tersier terdapat pada Protein Globular, dengan konformasi yang fleksibel untuk menjalankan fungsi biologinya.
GAMBAR .5
(a) Interaksi antar gugus rantai samping residu asam amino. (b) Contoh struktur tersier protein
(a) Interaksi antar gugus rantai samping residu asam amino.
(a) Interaksi antar gugus rantai samping residu asam amino. (b) Contoh struktur tersier protein
(b) Contoh struktur tersier protein
(a) Interaksi antar gugus rantai samping residu asam amino. (b) Contoh struktur tersier protein
(b) Contoh struktur tersier protein

Struktur Kuartener

Struktur kuarterner merupakan interaksi antara beberapa polipeptida tersier, membentuk Protein Globular.  Protein tersier bisa tersusun dari beberapa sub-unit polipeptida yang sama disebut sebagai protomer sedangkan oleh sub-unit berbeda disebut oligomer. Contoh Hemoglobin tersusun dari 4 polipeptida dengan 2 sub-unit berbeda a dan b, Gambar 6. Struktur globular Hb yang fleksibel memungkinkan pengikatan oksigen. Struktur tiga dimensi Ribonuklease (a), hasil analisis diffraksi sinar-X (b) dan penggambaran abstraksi rantai polipeptida bentuk b-strand (panah datar) dan a-heliks (pita spiral), Gambar 7. Hubungan antara struktur primer, sekunder, tertier dan kuartener ditampilkan pada Gambar 8, ilustrasi lengkap pada Gambar 9.
GAMBAR.6
prot9
Struktur kuartener Hemoglobin yang tersusun dari 4 polipeptida dengan 2 sub-unit berbeda a dan b,
prot11
Struktur kuartener Hemoglobin yang tersusun dari 4 polipeptida dengan 2 sub-unit berbeda a dan b,
prot10
GAMBAR 7
prot12
Struktur tiga dimensi Ribonuklease (a)
prot14
hasil analisis diffraksi sinar-X (b)
prot15
penggambaran abstraksi rantai polipeptida bentuk b-strand (panah datar) dan a-heliks (pita spiral)(c)
GAMBAR 8
prot13
Hubungan antara struktur primer, sekunder, tertier dan kuartener
GAMBAR 9
prot16
Ilustrasi bentuk struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener

Sumber:
https://bisakimia.com/2015/10/26/memahami-struktur-protein/

Permasalahan:
1.Apa yang dimaksud dengan jembatan disulfida? berikan contoh pada protein?
2. Apa yang menjadi dasar perbedaan dari protein sekunder dan tersier?
3. Jelaskan Interaksi (ikatan) yang terjadi pada protein Tersier!
4. Sebutkan struktur a-Heliks, ikatan H pada satu rantai polipeptida!

Komentar

  1. inggi jesika9:01 PM

    Saya akan mencoba menjawab permasalahan yang ke-2, Saya akan mencoba menjawab permasalahan yang pertama, Struktur sekunder adalah struktur dua dimensi dari protei yang mana pada struktur ini terjadi lipatan (folding) beraturan, seperti α–heliks dan β–sheet, akibat adanya ikatan hidrogen di antara gugus-gugus polar dari asam amino dalam rantai protein. Sedangkan Struktur tersier merupakan struktur tiga dimensi sederhana dari rantai protein. Dalam struktur ini, selain terjadi folding membentuk struktur α–heliks dan β–sheet, juga terjadi antaraksi van der Waals dan antaraksi gugus nonpolar yang mendorong terjadi lipatan

    BalasHapus
  2. nadia.marsila10:29 PM

    saya akan mencoba menjawab permasalahan nomor 3. Bagian bentuk-bentuk sekunder ini dihubungkan dengan ikatan hidrogen, ikatan garam, interaksi hidrofobik, dan ikatan disulfida. Ikatan disulfida merupakan ikatan yang terkuat dalam mempertahankan struktur tersier protein. Ikatan hidrofobik terjadi antara ikatan-ikatan nonpolar dari molekul-molekul, sedang ikatan-ikatan garam tidak begitu penting peranannya terhadap struktur tersier molekul. Ikatan garam mempunyai kecenderungan bereaksi dengan ion-ion di sekitar molekul.

    BalasHapus
  3. Unknown8:12 AM

    Saya akan menjwab pertanyaan nomor 1
    Selain ikatan hidrogen, terdapat juga ikatan kovalen yang disebut juga sebagai jembatan disulfide antara asam amino sistein di berbagai macam posisi pada rangkaian polipeptida. Karna contoh ny berupa gambar maka tidak bisa dikirim

    BalasHapus
  4. Unknown9:13 AM

    Baiklah saya akan mencoba menjawab permaslaahan ke -4

    Ikatan H membentuk folding untuk meminimumkan driving force gugus hidrofobik dengan pelarut. Struktur a-Heliks, ikatan H pada satu rantai polipeptida. Merupakan penyusun utama protein serat seperti a-Keratin dalam rambut, wol dan kuku. Struktur lembaran b-berlipat ikatan H terjadi antar rantai polipeptida, contoh struktur ini terdapat pada sutera. Protein serat (Fibrous) merupakan pengulangan struktur sekunder, biasanya tidak larut dalam air.

    Sebuah double helix adalah bentuk geometris yang terdiri dari dua heliks sekitar sumbu yang sama. Heliks adalah bentuk spiral memutar, seperti pegas. Dua heliks dalam bentuk ini adalah kongruen, yang berarti bahwa mereka adalah sama dalam setiap dimensi, meskipun dalam posisi yang berbeda di sekitar sumbu. Sebuah double helix dapat berupa Dextro atau kidal, tergantung pada apakah itu gulungan searah jarum jam atau berlawanan arah jarum jam, masing-masing.

    Struktur ini mungkin paling dikenal sebagai bentuk asam deoksiribonukleat (DNA), materi yang membawa informasi genetik dalam tubuh. DNA double Helix yang dextro dan terdiri dari dua helai atau tulang punggung fosfat dan gula bergabung dengan pasangan basa nukleotida adenin, timin, guanin, dan sitosin, sering disingkat A, T, G, dan C. Adenin selalu bergabung dengan timin, dan guanin selalu bergabung dengan sitosin, sehingga mengetahui dasar di satu sisi helix mengungkapkan mereka di sisi lain. Keempat nukleotida bertanggung jawab untuk encoding semua informasi genetik dalam genom manusia. Bentuk DNA pertama kali diterbitkan pada tahun 1953 oleh ahli biologi molekuler Francis Crick dan James D. Watson.

    Heliks adalah bentuk sering terjadi di alam, ditemukan, misalnya, dalam tanaman merambat berbagai tanaman dan dalam banyak protein dalam tubuh. Meskipun double helix jarang, bentuknya tidak terbatas pada DNA. Contoh lain yang menarik dari itu alami dalam bentuk nebula ruang di galaksi Bima Sakti difoto pada tahun 2006. Sekian :)

    BalasHapus

Posting Komentar